Parroquia de la Iglesia Ortodoxa Rusa en Madrid existe desde 1761, desde el momento en que en Madrid por decreto de la emperatriz Catalina II se estableció la iglesia de la embajada, a la que se enviaron por mar el clero y los utensilios necesarios. La mayor contribución al florecimiento de la iglesia de la embajada de Santa María Magdalena igual a los apóstoles fue hecha por el sacerdote Konstantin Kustodiev, quien sirvió en ella de 1865 a 1870. Los servicios religiosos en la iglesia se llevaron a cabo hasta su abolición en 1871, cuando el iconostasio y los utensilios fueron trasladados a Buenos Aires (Argentina).
Con el cierre de la iglesia de Santa María Magdalena igual a los apóstoles, los servicios religiosos ortodoxos regulares en Madrid cesaron y se reanudaron solo después de la Segunda Guerra Mundial.
La iglesia de Santa Alexandra Mártir, que existió en la época de posguerra, estaba ubicada en locales alquilados.
Los servicios religiosos de la parroquia de la Natividad de Cristo, fundada en 2001, se realizaban inicialmente en la casa del primer rector, el hieromonje Arseny (Sokolov), luego en antiguos locales comerciales, puntos de negociación y talleres.
En enero de 2004, llegó a la parroquia un nuevo rector, el padre Andrey Kordochkin, quien desde los primeros días de su llegada a Madrid tomó bajo su cuidado espiritual a la joven parroquia. Con su participación directa, la parroquia de la Natividad de Cristo en Madrid pudo realizar su sueño de muchos años: tener su propio templo en suelo español.
El 9 de julio de 2010 se firmó en el ayuntamiento de Madrid un acuerdo para asignar un terreno por parte de las autoridades municipales a la Iglesia Ortodoxa Rusa para la construcción del templo. La firma del contrato de transferencia de tierras para la construcción fue el fruto de muchos años de esfuerzos de la Embajada de la Federación Rusa en Madrid y personalmente del Embajador, Alexander Igorevich Kuznetsov.
El 5 de octubre de 2011 se obtuvo el permiso de construcción. El 6 de diciembre de 2011, el arzobispo Mark de Yegoryevsk y el obispo Nestor de Korsun consagraron la piedra angular del futuro templo.
La construcción en sí comenzó pocos días después de la ceremonia. En el Consejo de Administración, junto con el arzobispo Mark de Yegoryevsk, secretario del Patriarcado de Moscú para las instituciones extranjeras, se unió la Gran Duquesa María Vladimirovna Románova, quien vive en Madrid.
La construcción fue posible gracias al apoyo de la fundación benéfica “Transsoyuz”, la compañía española de construcción de vagones “Talgo” y muchos otros que hicieron una pequeña contribución de su trabajo.
El primer servicio religioso se celebró el Jueves Santo 2 de mayo de 2013.
El iconostasio de piedra se instaló en 2015.
El 18 de enero de 2019, la iglesia de Santa María Magdalena igual a los apóstoles recibió el estatus de Catedral de la diócesis.
A principios de 2022 comenzaron los trabajos de pintura mural con frescos, que se completaron a finales de 2023.
La composición de los feligreses es multinacional. Entre ellos hay rusos, ucranianos, moldavos, armenios, georgianos, búlgaros, españoles, así como representantes de América del Norte y del Sur.